Prvá historická zmienka o reformácii, na základe ktorej vznikol neskôr zbor, siaha do roku 1518. Kňaz Pavel, ktorého tu zasiahla reformácia bol prvým farárom ovplyvneným Lutherovým učením. V roku 1553 dostal tunajší mešťanosta list od Filipa Melanchtona, Lutherovho najbližšieho spolupracovníka, ktorým odporúčal kňaza Pavla Niceusa, pochádzajúceho z Čiech. Hoci sa sa spočiatku bohoslužby odbavovali podľa rímsko katolíckej liturgie, kázalo sa v reformačnom duchu. V Kremnici zasadali aj synody (1558,1569,1577,1580) na ktorých obrana reformačného učenia pred ostrihomským arcibiskupom Mikulášom Oláhom. V tom čase aj mestské kostoly (hradný, námestný,špitálsky) boli už v rukách evanjelikov. Hospodárske a cirkevné veci sa financovali z mestskej pokladnice, ktorú spravovala mestská rada. Od začiatku tu boli 2 cirkevné zbory, väčší nemecký s dvomi a menší slovenský s jedným kňazom. Okrem toho boli zriadené aj školy. Prvým učiteľom evanjelickej školy bol Pavel Scheider, ktorý sa neskôr stal notárom. Bola tu aj škola vyššieho stupňa tzv. latinská. Tažké časy pre evanjelikov nastali za panovania Leopolda I., keď im kostoly odobrali, hoci boli evanjelici vo väčšine.
Po Šopronskom sneme sa rozhodli tunajší evnjelici postaviť si kostol, školu a faru. Preto si v roku 1688 kúpili majer Hellenbach. Tam postavili kostol, ktorého prízemie bolo murované a poschodie drevené, pri ňom postavil faru a školu. Tento slúžil do roku 1824, kedy sa evanjelici, s podporou arcikniežaťa Jozefa s manželkou Máriou Dorotheou, pustili do stavby terajšieho chrámu, ktorý bol vysvätený 1. októbra 1826. O 40 rokov pri renovácii bol do oltára osadený obraz od kremnického rodáka prof. Vojtecha Angyla, ktorý znázorňuje modliaceho sa Krista v Getsemanskej záhrade.
V obvode zboru sa nachádza aj kostol v Lúčkach, ktorý sa od odchodu nemeckých evanjelikov pravidelne nevyužíva.
