Vo východnej časti Bratislavy, v spleti dunajských ramien, leží obec Vrakuňa. V listinách sa spomína od roku 1279. Od konca 14. storočia postupne prechádzala do majetku mesta Bratislavy. Roku 1631 mala 24 domov a 120 obyvateľov. Cirkevne patrila ako filiálka do farnosti Podunajské Biskupice. Neorománska kaplnka Mena Panny Márie bola postavená v roku 1879. Jednoloďový sakrálny priestor má segmentový uzáver zaklenutý konchou, obdĺžniková loď je zaklenutá pruskou klenbou. Kaplnka má vstavanú štvorhrannú vežičku ukončenú ihlancovou strechou. Fasáda kaplnky má neorománske prvky. V nike nad vchodom do kaplnky je drobná plastika Immaculaty. V interiéri na hlavnom oltári je olejomaľba Immaculaty (sign. Jakobey Károly 1879). Po stranách oltárneho obrazu sú drevené plastiky sv. Anny a sv. Joachima.
Pôvodnú obec Vrakuňu pohltila výstavba moderného sídliska. Kaplnka nepostačovala potrebám mnohotisícoveho spoločenstva.
Novodobá história kostola sa začala písať zriadením farnosti Bratislava Vrakuňa, 1. novembra 1991 kedy arcibiskup Bratislavsko-Tnavskej arcidiecézy a metropolita Slovenska Mons. Ján Sokol arcibiskupským dekrétom na žiadosť poslancov a starostky mestskej časti erigoval farnosť Bratislava Vrakuňa. Zároveň bol ustanovovacím dekrétom menovaný Vdp. Augustína Drška za farára novozriadenej farnosti.