Protopresbyterát (dekanát) Medzilaborce vznikol v roku 1997. Vznik priamo súvisel so vzniknutím okresu Medzilaborce. Všetky farnosti, terajšieho protopresbyterátu pred tým patrili pod správu spoločného protopresbyterátu Humenné. Prvým protopresbyterom (dekanom) bol menovaný o. Michal Stanko duchovný správca farnosti Radvaň nad Laborcom. Táto farnosť sa tak stala aj prvým sídlom protopresbyterátu.
V roku 2003 za protopresbytera bol vymenovaný o. Ján Blaško duchovný správca farnosti Čabalovce. Z vymenovaním nového protopresbytera sa presunulo aj sídlo, a to z farnosti Radvaň nad Laborcom do farnosti Čabalovce.
A v roku 2006 kedy o. Ján Blaško bol vymenovaný za duchovného správcu farnosti Medzilaborce a tiež pozostal vo funkcií protopresbytera, tak sa tunajšia farnosť stala aj sídlom medzilaboreckého protopresbyterátu.